Past perfect
Совершённое прошеднее время описывает действие, которое произошло до основного события в прошлом. Иногда, по смыслу данное действие сочетается с наречением «Уже»
ГЛАВА I
Использование
Сложность Past Perfect во многом обусловлена отсутствием аналогий в русском языке. Он используется, когда хотят сделать акцент, на том, что одно событие случилось до другого события в прошлом.

У нас есть два события в прошлом и если одно из них случилось раньше - мы используем Present Past, а для другого Past Simple.
Совершённое прошедшее время образуется следующим образом:

I / We / You / They / He / She / It
+
Had played
(причастие прошедшего времени)
Одно из событий произошло раньше
I ran to the bus stop but the bus had already left (Уже уехал)
Я побежал к автобусной остановке, но автобус уже ушел

I bought contour maps when they had already lost their relevance
Я купил контурные карты когда уже они потеряли актуальность

Dobby hoped if Harry Potter thought his friends had forgotten him
Добби надеялся, что Гарри Поттер думает, что его друзья забыли его
ГЛАВА II
Вопросительные и отрицательные предложения
Вопросительные предложения
Вспомогательный глагол выносится на место перед подлежащим:

Had you done your homework before your parents come back ?
Ты сделал свою домашнюю работу до того, как вернулись твои родители ?
Отрицательное предложение
После вспомогательного глагола следует отрицательная частица not:

I had not thought to be here, Lord Stannis
Я не думал, что окажусь здесь, лорд Станнис
ГЛАВА III
Отличие Past simple от Past perfect
Past Simple - действия происходят в хронологическом порядке

Past Perfect - одно из действий случилось раньше
The countries held talks, after which the plane took off and landed on the island
Страны провели переговоры, после чего вылетел самолет и приземлился на острове

The plane landed on the island but before that the ships had gone on a cruise
Самолет приземлился на острове, но перед этим корабли отправились в круиз
Past
But as i said, i trust the creators
Но, как я уже сказал, я доверяю создателям

I draw to better understand things
Я рисую, чтобы лучше понять вещи

In the future that i saw, I tried to fight zod
В будущем, которое я видел, я пытался бороться с зодом
Past Perfect
I had lost my faith in western medicine
Я потерял веру в западную медицину

I realized that I had seen this landscape before
Я понял, что уже видел этот пейзаж раньше

I had decided to realize this wish as soon as India would be free
Я решил осуществить это желание, как только Индия станет свободной